消費税のインボイス制度 – 経過措置終了に向けた準備

はじめに

令和5年10月に開始したインボイス制度から、まもなく2年が経過します。当初は混乱もありましたが、現在では多くの事業者が制度に対応しつつあります。しかし、見落とされがちなのが「経過措置」の取り扱いです。

免税事業者からの仕入れに係る経過措置は、令和8年9月30日までは80%控除、その後の3年間（令和8年10月～令和11年9月）は50%控除と段階的に縮小され、令和11年10月以降はゼロとなります。本稿では、経過措置縮小に向けて中小企業が今から準備すべきポイントを整理します。

論点1:経過措置の現状と今後のスケジュール

インボイス制度における免税事業者からの仕入れに係る経過措置は、平成28年度税制改正附則第52条および第53条に規定されています。

経過措置のスケジュール

• 令和5年10月1日～令和8年9月30日:仕入税額相当額の80%を控除可能
• 令和8年10月1日～令和11年9月30日:仕入税額相当額の50%を控除可能
• 令和11年10月1日以降:控除不可（適格請求書発行事業者からの仕入れのみ控除可能）

つまり、令和8年10月以降は控除可能額が一気に縮小し、令和11年10月以降は完全にゼロとなります。免税事業者との取引が多い会社は、この時点で実質的なコスト増を負担することになります。

論点2:免税事業者との取引継続の判断

免税事業者との取引を継続するか否かは、税務上の損得だけでなく、事業上の総合的な判断が必要です。

コスト計算の基本

例えば、110万円（うち消費税10万円）の仕入れがあった場合、各時期の実質的な仕入コストは以下の通りです。

• 適格請求書発行事業者から仕入れ:100万円（10万円は仕入税額控除）
• 免税事業者から仕入れ（80%控除期間）:102万円（10万円のうち8万円のみ控除）
• 免税事業者から仕入れ（50%控除期間）:105万円（10万円のうち5万円のみ控除）
• 免税事業者から仕入れ（控除不可）:110万円（控除なし）

価格交渉の論点

免税事業者との取引を継続する場合、価格交渉が論点となります。ただし、独占禁止法および下請法上、一方的な減額要求は問題となる可能性があります。

公正取引委員会のQ&Aでは、「一方的に減額する」のではなく「双方の協議の上で決定する」ことが求められています。具体的には、消費税相当額の取り扱いについて、書面での合意を取り交わすことが推奨されます。

論点3:自社が免税事業者の場合の対応

自社が免税事業者である場合、適格請求書発行事業者として登録するか否かの判断が必要です。

登録するメリット・デメリット

登録するメリットは、取引先からの値引き要請を回避できる、新規取引先を獲得しやすいといった点です。一方、デメリットは、消費税の納税義務が発生する、申告事務の負担が増えるといった点です。

年商1,000万円以下でも、取引先の多くが法人の場合は、登録した方が事業継続上有利なケースが多い

実務上の留意点

• 免税事業者との取引について、契約書または覚書で消費税相当額の取り扱いを明確にする
• 経理システムで「免税事業者からの仕入れ」を区分管理し、控除額を正確に計算する
• 令和8年10月以降の50%控除期間に向けて、令和8年度の予算編成時にコストインパクトを織り込む
• 免税事業者の取引先に対しては、登録の意向確認を早めに行う

塩野公認会計士事務所の見解

インボイス制度の経過措置縮小は、令和8年10月という近い将来の話です。「まだ先の話」と考えていると、実際にコスト増となった時に慌てることになります。

特に、建設業、運送業、フリーランスとの取引が多い業種では、取引先構造の見直しが必要なケースもあります。当事務所では、業種別の影響シミュレーションと、経過措置を見据えた取引先戦略のご提案も行っております。