中小企業の経営者の高齢化が進み、後継者の不在に悩む事業者が増えています。「会社をたたむしかないのか」「M&Aで他社に引き継ぎたいが、専門家への報酬が重い」――こうした声に応えるかたちで国が設けている制度が、事業承継・M&A補助金です。
当事務所では、公認会計士・税理士・行政書士として、それぞれの専門性を活かしながら、補助金の申請支援から税務処理、株式価値の評価まで一貫してサポートしています。本記事では、事業承継・M&A補助金の概要、活用のポイント、そして補助金を受けた後に税理士視点で押さえておきたい論点までを整理してご紹介します。
事業承継・M&A補助金とは
事業承継・M&A補助金は、中小企業庁が所管する補助金制度で、事業承継・M&A・PMI(経営統合)・廃業に関する取り組みを包括的に支援するものです。旧称は「事業承継・引継ぎ補助金」で、近年の中小企業の事業承継ニーズの高まりを受けて制度が拡充されてきました。
本補助金の特徴は、対象となる取り組みの幅が広いことです。後継者が引き継ぐための設備投資費用、M&A仲介会社等への専門家報酬、統合後の組織再編コスト、さらには事業継続が難しい場合の廃業費用まで、事業承継の各フェーズで活用できます。
4つの支援枠 ― それぞれの目的と対象
事業承継・M&A補助金は、目的別に大きく4つの支援枠に分かれています。自社の状況に合った枠を選ぶことが、活用の第一歩です。
① 事業承継促進枠 ― 親族内・従業員承継のために
親族や従業員への承継を予定している中小企業が、承継後の事業展開のために行う設備投資・改修工事・新規事業展開等の費用を補助する枠です。承継を機に新たな取り組みに踏み出す事業者を後押しする内容となっています。
② 専門家活用枠 ― M&Aを進めるために
M&Aによる事業承継を進める際の、M&A仲介会社・FA(フィナンシャル・アドバイザー)・士業等への報酬を補助する枠です。買い手・売り手のいずれも対象となります。M&Aは数百万円から数千万円の専門家費用がかかることもあり、この補助は実務上の負担軽減に直結します。
③ PMI推進枠 ― M&A後の経営統合を成功させるために
M&A後のPMI（Post Merger Integration：経営統合）を進めるための費用を補助する枠です。M&Aは契約締結がゴールではなく、その後の組織・業務・システムの統合こそが成否を分けます。この統合作業に伴う専門家活用・システム導入等の費用が対象となります。
④ 廃業・再チャレンジ枠 ― 事業を区切るために
事業の継続が難しい場合の廃業に伴う費用を補助する枠です。在庫処分費用、廃業に伴う原状回復費、専門家への相談費用など、廃業時に発生する各種コストが対象です。一定の要件のもとで、廃業を区切りに再チャレンジを目指す事業者を支援するものです。
採択を高めるために ― 専門家視点での着眼点
採択率は公募回や申請枠によって異なりますが、事業計画の内容や実現可能性が重要な審査ポイントとなります。当事務所が申請をサポートする際に重視している着眼点をいくつかご紹介します。
- 承継後・統合後の事業計画の具体性:単なる「引き継ぎ」ではなく、承継・M&Aを機にどのような価値を生み出すのかを、数値計画とあわせて示すことが重要です。
- 賃上げ等の加点項目の活用:一定の賃上げを実施すると補助上限が引き上げられる仕組みがあります。自社の経営計画と整合する範囲で活用を検討します。
- 交付決定前の支出に注意:原則として、交付決定前に契約・発注した経費は補助対象外です。発注のタイミングは慎重に管理する必要があります。
- 株式価値や事業価値の客観性:M&A案件では、株式評価や事業価値評価の妥当性が重要になる場面があります。公認会計士による評価を行うことで、取引条件の検討や事業計画策定の精度向上につながります。
補助金を受けた後に押さえておきたい税務上の論点
採択がゴールではないのが補助金の特徴です。受給後にも、税務処理を含めいくつかの重要な対応が必要となります。
補助金や助成金の多くは、法人の場合は益金、個人事業主の場合は事業所得等の収入として課税対象になります。設備投資を伴う場合は、圧縮記帳の適用可否を検討することで、課税時期を将来へ繰り延べられる場合があります。なお、圧縮記帳は税額そのものを軽減する制度ではなく、あくまで課税時期を後ろにずらす制度である点に注意が必要です。
また、補助金で取得した資産については処分制限期間が設けられている場合があります。事業計画の途中で資産の売却・廃棄が必要になった場合は、事前に事務局への確認が欠かせません。実績報告書の提出や、事業終了後の事業化状況報告も、補助金を受けた事業者の義務として残ります。
また、M&Aに関連して支払う仲介手数料やデューデリジェンス費用については、その内容によって税務上の取扱いが異なる場合があります。支出の内容や取引形態によっては、税務上の取扱いが大きく異なる場合があるため、事前の確認が重要です。
補助金を受けた後の論点については、本ブログの「補助金の落とし穴｜受給後に必要な5つの対応」でも詳しく解説していますので、あわせてご参照ください。
2026年公募(15次公募)のポイント
2026年5月22日、中小企業庁から事業承継・M&A補助金の15次公募の公募要領が公表されました。申請受付期間は2026年6月19日から7月24日までの予定とされています。
15次公募の主な特徴のひとつとして、専門家活用枠に「小規模売り手支援類型」が新設されました。これにより、これまでよりも小規模なM&A案件でも本補助金を活用しやすい制度設計となっています。具体的な補助上限額や補助率、対象経費、加点項目等の詳細は、必ず事業承継・M&A補助金公式サイトの公募要領をご確認ください。
申請にはGビズIDプライムアカウントが必要となります。取得には一定の期間を要しますので、申請を検討される方は早めの準備をおすすめします。
当事務所のサポート体制
事業承継・M&Aは、補助金の申請だけでも複雑ですが、その先に控える株式評価、事業価値評価、相続税・贈与税を含む税務上の検討、事業承継税制との関係など、検討すべき論点が多岐にわたります。これらを別々の専門家にお願いすると、情報が分断され、判断のスピードが落ちる場面も少なくありません。
当事務所では、公認会計士・税理士・行政書士としての立場から、補助金の選定・申請支援はもちろん、株式評価や事業価値評価、相続税・贈与税を含む税務シミュレーション、事業承継税制の活用検討、受給後の会計処理・税務申告まで、一貫してご対応いたします。「申請の窓口」と「税務の窓口」、「評価の窓口」が分かれていないことで、お客様の手間と情報の齟齬を最小限に抑えられるのが強みです。
「事業承継を検討しているがどこから手をつけて良いか分からない」「M&Aを考えているが、補助金が使えるか知りたい」「廃業を視野に入れているが、選択肢を整理したい」――いずれもどうぞお気軽にご相談ください。
※本記事は2026年5月時点で公表されている情報に基づいて作成しています。事業承継・M&A補助金の支援枠、補助上限額、補助率、対象経費、申請期間等は、公募回ごとに変更される場合があります。実際の申請にあたっては、必ず最新の公募要領をご確認いただくか、当事務所までご相談ください。